本发明公开了一种端氨基超支化壳聚糖季铵盐及其制备方法，其是将壳聚糖和马来酸溶于甘氨酸盐酸盐离子液体中，在壳聚糖C2位进行酰化反应得到马来酸酰化壳聚糖，然后通过马来酸酰化壳聚糖C6位与2,3‑环氧丙基三甲基氯化铵在碱性溶液中发生取代反应，合成出马来酸酰化壳聚糖季铵盐，经稀盐酸超声置换处理后，将马来酸酰化壳聚糖季铵盐与端氨基超支化合物溶解在甘氨酸盐酸盐离子液体中发生酰胺反应，制得端氨基超支化壳聚糖季铵盐。本发明反应速率快，壳聚糖季铵盐取代度易于控制，产物易分离且收率高，所制备的端氨基超支化壳聚糖季铵盐抗菌活性和水溶性均有显著提高，且离子液体稳定性好、反应活性强、绿色环保、易回收利用。