本发明提供一种低醛酮含量聚酯多元醇及其制备方法和应用。所述低醛酮含量聚酯多元醇的制备原料包括：酸酐和/或二元酸45～60份、二元醇40～55份、催化剂0.00025～0.05份、稳定剂0.00025～0.1份和抗氧剂0.0005～0.1份；其中，所述稳定剂选自有机膦类化合物、磷酸、有机铵盐或冠醚类化合物中的任意一种或至少两种的组合。本发明通过添加适量特定的稳定剂，通过稳定剂与催化剂进行配位，降低催化剂残留金属离子的活性，降低其对降解反应的发生，可有效的降低产品中醛酮含量。