本发明公开了一种垂直剖分离心压缩机的装配方法，通过沿机壳的支撑侧和推力侧的周部分别分布开设多个固定通孔；将机芯从机壳的支撑侧或推力侧向机壳内推入，完成机芯安装；将第一承压端法兰放置在位于机壳的支撑侧的固定通孔和机芯之间，将第二承压端法兰放置在位于机壳的推力侧的固定通孔和机芯之间；最后将一卡板的一端在位于机壳的支撑侧的固定通孔内固定，将该卡板的另一端通过螺栓固定在第一承压端法兰上；将另一卡板的一端在位于机壳的推力侧的固定通孔内固定，将该卡板的另一端通过螺栓固定在第二承压端法兰上。本发明通过实现在机壳的壳壁较薄的情况下，第一承压端法兰和第二承压端法兰在机壳上的组装。