本申请涉及一种基于大数据的水电机组运行数据趋势分析预警方法及系统，所述方法包括：获取预设主要监测部件的第一实时运行位置和停机时的主要部件停机形态，以及预设辅助监测部件的第二实时运行位置和停机时的辅助部件停机形态；生成所述预设主要监测部件和所述预设辅助监测部件之间的实时相对配合位置；基于预设的大数据通信模块获取所述预设主要监测部件和所述预设辅助监测部件之间的标准工作配合位置，生成当前相对位置差异数据；若判断所述当前相对位置差异数据大于预设的正常工作范围参考值，则生成第一预警指示，并基于所述第一预警指示进行水电机组的报警。本发明实现极大提高预警准确度和可靠性，同时实现了生产效率的极大提高。