本发明公开了一种基于储能变流器的微电网功率波动平抑与电能质量治理的综合控制方法，首先，根据储能变流器平抑功率波动/电能质量治理两种出力模式，基于瞬时功率理论计算并网点处功率，通过与本地负荷所需功率及储能剩余功率相比较确定储能变流器主辅模式切换控制策略；为延长储能系统寿命，还提出一种基于无功/谐波/三相不平衡优先级的储能容量分配策略，通过对微电网中存在的三种电能质量问题设定补偿优先级，根据储能系统剩余容量优先补偿等级较高的电能质量问题。本发明将一种储能变流器主辅模式切换控制策略与无功/谐波/三相不平衡优先级的储能容量分配策略有效结合，极大地改善微电网并网与电能质量问题，提高储能电池运行经济性。