一种基于通信模组的网络接入控制方法、系统及存储介质，方法包括：在通信模组内部预置网络连接管理软件，集成安全算法以及访问控制功能；网络连接管理软件打开本端特定连接端口并监听上位机软件连接请求；上位机发起数据拨号建立网络连接，拨号成功之后，上位机应用通信模组内的网络连接管理软件，并将待接入软件特征值以及签名发送到网络连接管理软件，网络连接管理软件校验待接入软件合法性，验证通过后，将业务数据流描述发送给通信模组内的网络连接管理软件，网络连接管理软件配置访问控制功能，使能相关业务数据流进行流入或流出。本发明能够阻止非法应用通过模组接连网络，降低非法应用攻击网络风险，同时便于应用功能及时更新迭代。