本发明公开了一种三聚氰胺甲醛树脂微囊化阻燃剂及其制备方法。现有阻燃剂与基体相容性差，使得所制备的复合物材料韧性差、脆性高。本发明采用的制备方法为：1)将水滑石、三聚氰胺和二乙基次磷酸铝按照一定比例球磨改性；2)使用三乙醇胺溶液调节三聚氰胺和甲醛溶液的pH值以获得预聚体；3)将水滑石、三聚氰胺和二乙基次磷酸铝加入预聚体，并使用乙酸溶液调节pH值，以获得三聚氰胺甲醛树脂包覆的阻燃剂微囊。本发明用于三聚氰胺甲醛树脂微囊阻燃剂的制备，使用该方法制得的三聚氰胺甲醛树脂微囊化水滑石/三聚氰胺/二乙基次磷酸铝阻燃剂具有阻燃性和与基体相容性优良的特点。