本发明公开了一种魏氏柠檬酸杆菌yqjH基因敲除突变株及其应用，属于基因工程领域。本发明首次提出魏氏柠檬酸杆菌(Citrobacter werkmanii)yqjH基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，并提出将魏氏柠檬酸杆菌的yqjH基因敲除而获得基因敲除突变株ΔyqjH，并保藏于广东省微生物菌种保藏中心，其保藏号为：GDMCCNo：62255，菌体的生物被膜形成能力得到提高。本发明还提供了突变株的培养条件，使突变株形成生物被膜的能力比野生型菌株最高提高了4.20倍，可应用于生物被膜工程领域，从而拓宽了魏氏柠檬酸杆菌用于环境重金属离子污染治理和构建生物被膜蛋白合成工厂等的应用场景和范围。