本发明提供一种基于物联网系统的基层医共体医疗机构感染风险控制方法，属于医疗技术领域。该方法包括：医共体组织内的牵头医疗机构根据确诊的传染病例信息，通过物联网信息交互平台向第一医疗机构发送第一疫情防控指示、向第二医疗机构发送第二疫情防控指示；其中，第一医疗机构为医共体组织内曾接诊确诊病例的基层医疗机构，第二医疗机构为医共体内与第一医疗机构邻近的基层医疗机构；第一医疗机构根据第一疫情防控指示进行全面消杀并提高防疫等级；第二医疗机构根据第二疫情防控指示提高防疫等级。本发明基于医共体组织控制基层医疗机构的传染病感染风险，进而提升农村的疫情防控能力。