本发明公开了一种变拓扑微电网的分布式二次控制器设计方法，属于控制工程中微电网分布式二次控制器领域。该设计方法包括：构建不同模式下各个节点的分布式二级控制器；然后建立单个节点的分布式二级控制模型、不同模式下完整的微电网分布式二次控制下的模型；根据微电网模型建立新的李雅普诺夫‑克拉索夫斯基函数并给出新的微电网稳定性判据，再根据稳定性判据中的线性矩阵不等式证明变拓扑微电网的稳定性，最后用粒子群优化算法计算出变拓扑微电网在渐进稳定条件下的最大控制器增益；本发明能够更加精确的对每一种拓扑结构实行更好的控制策略，让变拓扑微电网的控制效率能够满足实时性的要求，从而使微电网的变拓扑控制更加智能。