本发明公开了一种基于扫频源OCT的综合眼科影像系统及其采集方法包括带扫频激光器的光源模块、主干涉仪模块、参考臂、适用于眼底模式的样品臂、控制电路模块和采集控制分析系统，光源模块发出激光，光束经过主干涉仪模块后分别进入参考臂和样品臂，返回光信号再进入主干涉仪模块后输出干涉信号，采集控制分析系统根据干涉信号获得从眼睛前端到眼底的OCT影像，影像深度范围大于组织内24mm/空气中32mm，覆盖眼底影像范围不小于3mm。本发明通过一次扫描获得眼前段与眼底视网膜断层结构影像以及眼轴长度、角膜中心厚度、前房深度、晶状体厚度等关键信息。