本发明提供了一种低植物毒性厨余垃圾沼渣的制备方法，包括以下步骤：S1、向厨余垃圾沼渣中混入微生物菌剂A以及磁性膨胀剂A，所述微生物菌剂A中含有细菌；控制温度下限为32‑45℃，搅拌1‑12h，通过磁吸回收磁性膨胀剂A；S2、向S1所得物料中加入微生物菌剂B以及磁性膨胀剂B，在室温搅拌12‑60h，其中微生物菌剂B中含有真菌，通过磁吸回收磁性膨胀剂B，即得低植物毒性厨余垃圾沼渣。本发明方法通过较低的能量消耗，高效快速的实现厨余垃圾沼渣的进一步腐熟，降低厨余垃圾沼渣的植物毒性，增加植物的发芽率及发芽指数，有利于厨余垃圾沼渣的再利用。