本发明涉及集装箱加工领域，具体涉及一种带排水槽集装箱房顶用封边装置及其使用方法，包括支座和封边机构，所述支座两侧上均设有电动推杆一和电动推杆二与封边机构连接，所述封边机构上设有移动装置，所述移动装置设有移动板，所述移动板下设有压刀，所述封边机构还设有平压横杆，所述平压横杆位于压刀一侧并互相平行设置。通过平压横杆和压刀相互配合，快速将铁皮箍住集装箱排水沟的反边，完成集装箱房顶的封边，封边质量好，效力高，密封效果好，能有效阻止水进入集装箱保温层，其基于结构的使用方法简单、实用，实现快速、准确有效的特定位置的槽位封边加工，大大减少了采用人工操作，有效地缩短加工周期，提高加工效率，降低加工成本。