本发明提供了一种火焰光度法在线分析气体中含硫化合物的方法及系统。该系统包括：取样装置，用于在线获取待分析气体；减压系统，减压系统的输入端通过第一输送管道与所述取样装置的输出端连通；色谱柱系统，设有载气输入管路且色谱柱系统内设有沸点柱、硫柱和延时柱，能够实现利用通过载气输入管路进入的载气带动待分析气体在包括沸点柱、硫柱和延时柱的色谱柱内进行待分析气体中含硫化合物的分离；色谱柱系统的输入端通过第二输送管道与所述减压系统的输出端连通；火焰光度检测仪，火焰光度检测仪用以将各个组分进行燃烧检测透光率并转化为电信号从而检测出待分析气体中含硫化合物的含量；火焰光度检测仪的输入端与所述色谱柱系统的输出端连通。