本发明及环境损害评估技术领域，具体为一种矿山越界开采生态环境损害评估系统及其方法，包括自然资源损害评估模块，用于矿山开采导致的各种自然资源的减少、消失、不可逆损害的评估；自然环境损害评估模块，用于矿山开采导致的各种自然环境的污染破坏的损害评估；人文资源损害评估模块，用于矿山开采导致的各种人文资源的破坏的损害评估；人文环境损害评估模块，用于矿山开采导致的各种人文环境的破坏的损害评估；次生灾害评估模块，用于矿山开采导致的各种次生灾害发生的损害评估。本发明可有效获取矿山周边环境的相关数据信息，从而能够定量评估生态破坏与环境污染产生的经济损失。