本发明提供一种硅碳复合材料及其制备方法和应用，该方法包括步骤如下：将硅铝合金部分去合金化并粉碎，得到去除部分铝的硅铝合金粉体；硅铝合金粉体分散于含有第一碳源的溶液中，经粉碎处理得到一级包覆的纳米硅铝浆液；纳米硅铝浆液、第二碳源及可碳化的粘结剂混合均匀，经干燥得到二级包覆的前驱体；前驱体于非氧化性气氛下进行煅烧，并于第三碳源气氛下进行化学气相沉积，得到三级包覆的硅碳复合材料。该方法利用硅铝合金中残留的少量铝，结合特定工艺，有效提升了所得硅碳复合材料的比容量、循环性能和安全性，同时该硅碳复合材料还兼具较高的振实密度，具有很好的综合性能，作为锂离子电池负极材料具有良好的应用前景。