本发明提供一种独立储能电站参与二次调频的容量配置方法及系统，属于电网调频领域，容量配置方法包括：获取电力系统中典型日的区域控制偏差信号；将区域控制偏差信号分解为N个本征模函数以及余波；获取电力系统中参与调频的发电机组的最大调节速率之和；根据N个本征模函数、余波及最大调节速率之和，确定目标累加信号；进一步确定独立储能约束条件；基于独立储能约束条件，根据目标累加信号、独立储能电站的出力及初始荷电状态，以独立储能电站的能量容量最小为目标，确定独立储能电站参与二次调频的额定功率及能量容量。结合常规机组的调节能力，提高了电力系统的调频效果，进而提高了电力系统的稳定性。