本发明涉及一种杂环胺分子印迹复合材料及其制备方法和应用，属于高分子材料领域。本发明的杂环胺分子印迹复合材料，具有核壳结构，内核为杂环胺模板分子印迹聚合物，外壳主要由通过化学键结合到所述内核表面的亲水性聚合链段形成；所述亲水性聚合链段中的亲水性基团选自伯氨基、仲氨基、叔氨基、季铵基团中的一种或任意组合。本发明的杂环胺分子印迹复合材料中，内核中的印迹位点为杂环胺的吸附提供了高选择性和高吸附容量，由于内核上接枝有亲水性聚合链段，利用亲水性聚合链段的亲水、静电排斥等作用可有效抵抗水性复杂介质中干扰物质的非特异性吸附和干扰，提高杂环胺分子印迹复合材料在水性介质下的吸附选择性。