本公开涉及天然气井的控制系统及其控制方法和驱动装置，控制系统包括控制阀被构造为通过阀口将井内天然气导出；驱动装置与控制阀驱动连接，且被配置为驱动控制阀的阀杆相对于阀座运动，以调节阀口开度；位置检测元件设置在驱动装置上，且被配置为检测阀杆的位置；压力检测元件被配置为检测控制阀的阀口压力；控制器被配置为在满足控制阀的阀杆位置位于设定行程内，且控制阀的阀门出口压力不超过管线输送最大压力值的前提下，基于预设条件控制驱动装置调节阀口开度。在满足用户使用要求的基础上，保证了控制阀和采气管线的工作安全性且提高了采气效率，解决了现有技术中人工控制导致运营成本高、采气效率低、采气安全性差的问题。