本发明提供一种SOC芯片单元混合布局方法和系统，属于集成电路版图设计领域。所述方法包括：获取前端网表，根据所述前端网表形成初始布局规划；确定需要混合布局的模块单元；根据所述初始布局规划和需要混合布局的模块单元确定用于限制需要混合布局的模块单元的放置位置的限制框；将需要混合布局的模块单元混合放置在所述限制框内。使用上述方法在布局过程中将同层级的SOC芯片单元混合布局，使得SOC芯片单元的运算时间、功耗以及电磁辐射等物理信息不具有规律性，攻击者无法通过分析物理信息来猜测安全芯片的密钥信息，提升安全芯片防功耗攻击的能力。