本发明提供了一种基于深度学习的农作物害虫识别方法、存储介质和电子设备，包括以下步骤：采用多种采集装置对农作物害虫图像进行采集，得到多种测试训练集；对多种测试训练集进行随机排列组合，得到多种组合训练集；将多种组合训练集分别输入到多种训练模型中进行训练，根据设定的评价指标对各训练结果进行评定，确定最优的组合训练集以及最优的训练模型；采用最优的组合训练集对应的采集装置对农作物害虫图像进行实时采集，将实时采集得到的图像训练集输入至最优的训练模型进行训练，得到害虫识别结果。通过上述方案，能够有效提升虫害图像识别的精准性。