本发明属于生物技术领域，具体涉及一种琼胶酶突变体及其编码基因，含有该编码基因的重组载体和细胞，以及该琼胶酶突变体的制备方法与应用。通过理性设计对野生琼胶酶点突变获得一种琼胶酶突变体E122W，氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示，该琼胶酶突变体的酶活力和热稳定均有明显提高，可以高效催化降解琼胶制备琼胶寡糖，且琼胶寡糖收率较高，满足工业化生产需要，为琼胶酶在生物化工、食品、医药等领域的研究应用和琼胶寡糖的工业化生产奠定基础。