本发明公开了一种文件动态压缩混淆和双向缓存方法及系统，方法在用户通过浏览器访问服务器端任意一资源文件，根据资源文件信息生成并上传访问文件请求；资源文件拦截服务收到浏览器上传的访问文件请求后，根据缓存配置器的配置和文件类型对访问文件请求拦截检测；根据拦截检测结果对需拦截的访问文件请求进行文件版本更新检测，若无需更新则返回状态码304至浏览器，并根据访问文件请求调用本地缓存的文件进行呈现；当检测需要更新文件时，先后从资源文件缓存池和本地资源文件中查找并更新文件，若未查找到文件则返回状态码404至浏览器。本发明大大提高了资源文件压缩、混淆的效率，降低了研发和发布的难度，提高了研发和发布效率。