本发明提供了一种芒果自根砧木的培育方法，属于苗木繁育技术领域，所述培育方法包括以下步骤：播种种子后培育至实生苗叶片老熟获得幼苗，将幼苗剪为若干个15～25cm长的茎段，茎段作为插穗，进行促根处理后，扦插生根，生根的插穗培养至茎段离地面8～12cm高处直径达0.8～1.2cm，获得自根砧木；选用的插穗为实生苗茎段，扦插基质为蚯蚓粪和田园土混合的基质，在扦插前用杀菌剂溶液浸泡并速蘸生根溶液；改变了砧木的根系分布，将芒果砧木根系的一个主根变成多个侧根，同时一棵实生苗可繁育成多个自根砧木苗，同时剪去茎段的实生苗还可以作为实生苗砧木；方法简单、操作容易、成活率高，能够快速提供优质芒果砧木。