本发明公开了一种复合胶原蛋白水凝胶及其制备方法和应用，本复合胶原蛋白水凝胶包括活性组分和成胶组分，所述复合胶原蛋白水凝胶通过氧化剂将所述成胶组分转变为凝胶而形成；所述活性组分包括氯硝柳胺或吡喹酮，在转变为凝胶前，所述成胶组分中重组胶原蛋白的质量体积浓度为20～100g/L，所述明胶的质量体积浓度为10～100g/L，所述重组胶原蛋白的氨基酸序列为SEQ ID No.1。本发明通过将重组胶原蛋白和天然胶原明胶合成双组分的复合胶原蛋白水凝胶，使得水凝胶具有更好的机械性能、药物承载释放孔径及生物相容性，提高了药物缓释和抗尾蚴感染效果；本水凝胶大大提高了血吸虫病的减卵率和减虫率，为抗尾蚴感染新型防护剂的开发和血吸虫病注射治疗药物提供新的思路。