一种植有现代化多功能盒子的木构工坊结构及其施工方法，包括木构主体和多功能盒子；多功能盒子沿横向间隔安装在木构主体的内部空间中，每个多功能盒子包括休息盒子单元、工作盒子单元和连廊；休息盒子单元和工作盒子单元均为由PU板围合而成的矩形立体结构，且分别设置在横向相邻的单元格中；工作盒子单元安装在地面结构上，休息盒子单元安装在钢支撑上；连廊将工作盒子单元的顶部空间与休息盒子单元连通；休息盒子单元的左右侧壁与对应的木柱之间分别设置有第一抗震连接组件；工作盒子单元的左右侧壁与对应的木柱之间分别设置有第二抗震连接组件。本发明解决了传统的木构工坊空间利用率低以及无法同时满足工匠的制作和生活需求的技术问题。