本发明提供一种异常电能表定位方法及系统，该方法包括：根据变电站联络线的连接关系，通过广度优先搜索构建电气拓扑图；获取关口电能表测量的电压值和电流值，基于特勒根定理计算所述电气拓扑图中各支路两端的电势差矩阵和支路电流矩阵；根据各支路电势差矩阵和支路电流矩阵，计算预定时间内消耗功率，通过均方差法和四分位距法对应判断消耗功率、同向电压和是否异常，根据消耗功率异常、同向电压异常情况，判断电气拓扑图中是否存在电能表异常；若存在电能表异常，则通过费舍尔判别法定位异常电能表。通过该方案可以避免现场电能表误差检测，节省人力物力，并能有效提高电能表异常检测定位的准确性和可靠性。