本发明公开了一种吸除式培养基污染物清除装置，属于培养基污染物清除技术领域，包括放置平台、培养瓶和清除设备，所述放置平台呈水平放置，所述培养瓶放置在放置平台上，所述清除设备固定设置在放置平台的顶部且位于培养瓶的上方，所述清除设备包括驱动件、连接件和四个阻挡架，所述驱动件设置在放置平台的顶部且位于培养瓶的顶部，所述连接件设置在驱动件上且与驱动件铰接配合，四个所述阻挡架设置在连接件上且位于培养瓶的上方。操作人员对受污染部分的培养基去除时可通过驱动件将培养瓶内的甘薯苗枝叶推动，从而留出空间方便操作人员对培养瓶内受污染的培养基进行去除。