本发明公开了筛选矮秆密小穗抗赤霉病小麦的KASP引物组及其应用。本发明利用Wheat55K小麦高通量基因芯片获取基因型数据，在2D和5A染色体上检测到来源于扬麦11的2个与株高、小穗着生密度和赤霉病抗性相关的QTL区域Q.2D和Q.5A，其紧密连锁标记是AX110519154(2D)和AX111618105(5A)，并据此开发了2个KASP标记引物组。通过实验证明本发明所述KASP分子标记可用于小麦株高、小穗着生密度和赤霉病抗性的分子标记辅助选择育种。本发明为株高、小穗着生密度和赤霉病抗性相关的两个QTL区域Q.2D和Q.5A在育种中有效利用提供了良好工具。