本发明公开了陆地棉D12号染色体与棕榈油酸关联的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记为如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.27所示核苷酸序列中至少一个。本发明通过对1279份棉花材料进行了2年、1个地点、2个自然环境的种植，并检测分析了这些品种的棕榈油酸。通过IlluminaHiseq测序平台对这1279份棉花品种进行基因组重测序，获得高质量的cleandata，亲本平均测序深度35X，子代平均测序深度4X以上。通过GWAS分析累计2个计算值，获得至少在一个及以上环境中稳定出现的与陆地棉棕榈油酸关联的SNP分子标记27个。本发明不仅可用于棉花棕榈油酸的早期预测和筛选，还可用于高棕榈油酸和低棕榈油酸棉花品种的选育。