本发明公开了一种适用于深度调峰和AGC模式的锅炉吹灰操作方法及系统，在不增加锅炉测点的基础上，通过采集锅炉历史和实时运行数据，基于不同受热面的热损失实时偏差、累积偏差、积灰时长和锅炉排烟温度四个评价参数建立了涵盖所有受热面的锅炉整体吹灰操作方案；本发明能够避免深度调峰时由于监测指标长时间达不到临界值而导致高温受热面熔融性积灰结渣严重的问题，并能解决AGC模式下负荷变动过快时，瞬时量监测指标多频次、大范围的波动而导致的吹灰操作误判问题，从而确保吹灰操作指令更准确、更全面且更适用于锅炉实际运行。