一种微通道换热器及其工作方法，所述微通道换热器包括两根集液管、扁管、翅片、两个球阀、一个单向阀、两根分配管；两相制冷剂分别进入第一分配管和第二分配管，使制冷剂流速在分配管中保持较高流速，因此，制冷剂在第一集液管中分配更均匀；当微通道换热器作为冷凝器时，通过调整球阀开关，使微通道换热器中的制冷剂流过三根扁管的换热流程，增大制冷剂的流速，提高换热器的换热性能。当微通道换热器作为蒸发器时，使制冷剂走过一根扁管的换热流程，减小制冷剂侧的压降，提高换热器的性能。本发明能使微通道换热器的两相制冷剂分配更加均匀，同时能够针对微通道换热器的不同工况调整流路使换热器性能提升。