本发明提供了一种基于太赫兹的多层膜厚测量方法及可读存储介质，属于镀膜厚度检测的技术领域，解决了现有技术在对较薄的多层镀膜进行测厚时存在运算速度较慢、测量效率较低的问题。一种基于太赫兹的多层膜厚测量方法，包括：获取数据的时域信号；调整窗滤波器的窗范围，得到最优窗滤波器；利用最优窗滤波器对数据的时域信号进行窗滤波，得到滤波后的时域信号；对滤波后的时域信号进行傅里叶变换，得到数据的频谱信号；判断最优窗滤波器是否移动到时域信号结束位置；若否，则最优窗滤波器移动到下一个驻点位置，返回利用最优窗滤波器对数据的时域信号进行窗滤波，得到滤波后的时域信号的步骤。