本申请提供一种基于区块链的民航数据处理系统，包括：区块链平台、区块链数据存储服务器、第一节点、若干第二节点和若干第三节点；区块链平台上部署有智能合约；智能合约用于执行以下方法：接收第i个第二节点发送的民航数据集Di；将Di中每一密文民航数据填入第一目标矩阵的第i行；根据第一目标矩阵的每一列，得到处理后密文数据集S；将S存储至区块链数据存储服务器。本申请能够使第三节点通过区块链平台的区块链数据存储服务器获取到各个第二节点的每一参数类型对应的明文民航数据的总和，且无法获取到每一第二节点自身的明文民航数据，从而既满足了第三节点的数据获取需求，也不会导致第二节点的明文民航数据发生泄露。