本发明涉及金融管理技术领域，具体公开了一种贷款抵扣方式灵活配置方法及系统，所述方法包括接收用户发送的贷款请求；对所述用户信息进行风险分析，确定贷款参数；根据所述贷款参数确定抵扣原子项，排列各抵扣原子项，得到不同顺序的原子项列表；在不同顺序的原子项列表中选取某一原子项列表，作为抵扣策略；接收用户发送的含有还款额的还款请求，对抵扣策略进行更新。本发明将所有费用计算抽离为独立的原子计算，每一个原子计算为策略中的一小步，不同顺序的原子计算的组合抽象为策略，用户与策略为多对多的方式，当用户发起还款时会为对应的策略生成抵扣实例进行抵扣，极大地提高了策略更换的灵活度。