本发明公开了一种多任务深度学习增强的智能孢粉化石显微图像快速筛选的方法，包括以下步骤：结合图像压缩重构和化石粗定位进行多任务学习，建立孢粉化石显微图像筛选网络；学习图像压缩网络将896×896大小图像压缩为242×242大小作为后继筛选网络的输入；使用7×7热力图预测学习取代整体常规二分类预测学习，降低筛选网络学习难度、提高筛选网络预测精度。本发明实现了从大量自动扫描拍摄的孢粉化石显微图像中筛选出包含化石的有效图像。该方法采用多任务学习的方式，结合图像压缩学习、粗略定位学习和图像分类学习三类深度学习任务，实现快速、准确的孢粉化石显微图像筛选预测，极大地提升孢粉化石鉴定工作效率。