本发明涉及一种考虑热区部件间热传递的系统多物理域模拟方法，包括：建立高温固体氧化物燃料电池系统模型，并设定高温固体氧化物燃料电池系统模型的基本参数；获取系统内各气体组分的当前流量值；获取系统各部件模型的当前温度；求解热区环境温度，并根据热区环境温度，计算热区和各部件模型间的换热量，以及计算各部件的高低温出气温度。本发明的有益效果是：本发明有效解释了传统系统模拟仿真与实际工况下的燃料电池系统热区部件热交换效应产生较大偏差的原因，同时本发明提供了更加符合系统实际工作状态的各部件稳态温度以及各气体组分对应流量的计算方法。