本发明涉及一种串并联型柔性互联开关及其配电系统和故障保护方法，该开关包括直流母线、静止同步补偿器和n个半桥子模块，每个半桥子模块包括上开关管、下开关管和第一电容，下开关管上并联有使该半桥子模块快速旁路的旁路开关，每个半桥子模块的输出端设置有机械式断路器，机械式断路器用于与交流馈线连接；每条交流馈线上安装有配电保护设备和用于切除馈线的机械分段开关；直流母线上并联有直流卸荷模块。通过交流馈线区域的故障信息所有开关管、旁路开关、机械分段开关和/或直流卸荷模块闭锁，切除故障馈线，实现可以快速地定位故障并隔离故障，有效地抑制故障电流，保护使用该串并联型柔性互联开关的配电系统和开关设备不受损坏。