一种混合载波跳码扩频方法及系统，它属于无线通信领域。本发明解决了传统混合载波直扩系统的抗截获性能有限，导致系统通信时的安全性和保密性差的问题。本发明利用同一序列的不同循环移位经过WFRFT域变换生成不同的扩频序列的互相关性低的特点，将生成的扩频码作为跳码扩频系统的扩频码来进行信号传输。本发明的扩频系统既具有传统混合载波扩频系统的星座图旋转类似噪声优势，又具有跳码扩频系统扩频码难以被敌方识别的特性，扩频码集数量更多且生成方便，极大的提高了扩频系统的抗截获性能，提高了系统通信时的安全性和保密性。本发明方法可以应用于无线通信领域。