本发明公开了一种考虑模型结构和水文预报双重不确定性的水库群防洪调度风险分析方法，包括：建立混合等效模型和全集联合调度模型，提出考虑模型结构不确定性的洪水风险定义及考虑模型结构和水文预报双重不确定性的洪水风险定义；分别确定混合等效模型和全集联合调度模型的贝叶斯网络结构；生成随机洪水样本，进行贝叶斯网络参数学习，建立混合等效模型和全集联合调度模型的贝叶斯网络风险分析模型；基于贝叶斯网络风险分析模型进行概率推理，进行风险预测和诊断。本发明考虑了水库群实时防洪混合调度中模型结构和水文预报双重不确定性，能够定量化描述调度模型结构及水文预报误差对洪水风险的影响，为防洪风险决策提供依据。