一种能量路由器与变压器并联系统及其控制方法，系统包括电源、能量路由器、变压器、负载与控制分析模块，电源依次经能量路由器、一号切换开关后通过公共母线与负载相连接，电源依次经变压器、二号切换开关后通过公共母线与负载相连接，控制分析模块与能量路由器、变压器、一号切换开关、二号切换开关相连接；控制时，通过功率因数判断系统是否需要进入无功补偿模式、通过三相电流不平衡度判断系统是否处于三相负荷不平衡模式，并计算能量路由器接入时的损耗以及变压器接入时的损耗，然后比较能量路由器接入时的损耗与变压器接入时的损耗，并通过比较结果来选择接入能量路由器或变压器为负载供电。本发明可有效降低线路损耗。