本发明提供一种电流畸变抑制方法、控制器、整流系统及存储介质。该方法应用于Vienna整流器，方法包括：监测Vienna整流器的目标相的调制电压波形；其中，目标相为Vienna整流器三相中的任意一相，调制电压波形用于控制目标相的输入电流；对处于过零区间内的目标相的调制电压波形进行电压补偿，以使补偿后的过零区间对应的输入电流相较于补偿前减小；其中，过零区间以目标相的标准调制电压波形的过零点为中心。本发明能够抑制Vienna整流器的电流过零点畸变。