本发明涉及一种考虑温度非均匀性的通风基站柜体及其运行控制方法，该通风基站柜体，包括柜本体，所述柜本体具有用于安装基站设备的内腔，所述内腔具有开口侧；设置于所述开口侧的柜门结构，所述柜门结构包括多个柜门单元，多个所述柜门单元相互配合，实现所述开口侧的封闭；其中，所述柜门单元设置有冷却组件，所述冷却组件包括风机，所述风机用于排除加热后的柜体内高温空气，通过针对于柜体结构的结构设置，基于多个冷却组件，能够实现柜体内部不同区域的降温，从而达到针对于柜体内温度不均匀分布的特点，保证柜体内部的温度的效果。