本发明提供了一种循环肿瘤DNA中HER2基因异常扩增的检测方法及其应用。所述检测方法包括：构建定量检测HER2基因的反应体系、优化反应条件、确定HER2基因异常扩增的初定判读阈值和最佳判读阈值，确定HER2基因的扩增情况。本发明利用数字PCR技术开发出一种ctDNA HER2基因拷贝数变异的定量检测方法及检测试剂盒，能够指导胃癌药物的开发和胃癌HER2阳性患者的靶向药物个体化治疗，并为患者肿瘤复发监测、预后判断等提供更为精准、无创的分子分型方法。