本发明公开了一种适用二阶系统不同阻尼比的频率偏差计算方法及系统，包括：基于系统的机组参数进行参数聚合，确定聚合后得到的系统频率响应模型的模型参数；基于所述模型参数和负荷频率调节系数确定阻尼比；基于所述阻尼比和预设阈值确定频率偏差计算公式，并基于与所述阻尼比对应的频率偏差计算公式确定当前时刻的频率偏差。本发明基于阻尼比和预设阈值的大小选取计算公式，能够适用于各种阻尼比情况下频率响应的计算，同时能够计算频率偏差最大值出现的时间和频率偏差最大值，为制定相应的频率稳定控制措施，提高系统频率稳定性提供了重要指导意义。