本发明公开一种基于PID控制算法的主从设备间的同步方法，包括如下步骤：采用1588v2协议计算出第m次确定从时钟与主时钟之间的基准时钟偏差E(m)；从设备初始化后，根据下一次的基准时钟偏差和第1次的基准时钟偏差的差值计算出从设备与主设备的当前时刻下的当前次的时钟偏差；按相应公式计算出当前时刻下第k次用于调节PWM占空比的调节控制量u(k)，根据调节控制量u(k)调整第k次所对应的当前时刻下的PWM信号的占空比，从而调节从设备的从时钟的频率，使得从时钟的频率与主时钟的频率保持同步。本发明能够很好地在主从设备间进行时钟同步，同步精度误差小。