本发明公开了一种与油菜种子次生休眠主效QTL共分离的KASP和dCAPS标记及其应用，属于油菜分子育种技术领域。基于与油菜种子次生休眠主效QTL qSSD.A09共分离的侧翼SNP标记A09_10470644的序列为基础序列，设计KASP标记的引物组合物和dCAPS标记的引物组合物，以油菜植株的基因组DNA作为模板进行PCR扩增，使SNP标记有效的转化为KASP标记和dCAPS标记。利用本发明所提供的检测体系和方法可以有效预测油菜种子次生休眠特性，辅助筛选具有弱次生休眠特性优异品种或品系，有效提高育种的准确性，加速油菜种子次生休眠特性的改良。