本发明提供考虑灵活性与新能源消纳的电网储能双层优化方法及系统，能能够充分调动系统的灵活性供给资源，适应系统不确定性需求，获得同时满足运行、配置最优的储能方案。考虑灵活性与新能源消纳的电网储能双层优化方法包括：步骤1、基于灵活性理论，建立火电机组、储能装置、可中断负荷的灵活性调节模型，分析新能源消纳，建立消纳模型；步骤2、根据灵活性调节模型与新能源消纳模型，建立考虑灵活性与新能源消纳的指标体系；步骤3、基于主成分分析的占优选择机制，对步骤2中的指标体系内各指标客观赋权，得到综合评价指标；步骤4、建立双层储能优化配置模型；通过上下层相互迭代优化，最终解出同时满足运行、配置最优的方案。