本发明公开了一种低本底水泥及其制备方法。低本底水泥由92.0%~98.0%低本底熟料和2.0%~8.0%石膏共同粉磨制成。其中，低本底熟料通过1.0~5.0%低本底水泥晶种、1.0~5.0%C4AF晶须与90%~98%高镁生料均匀混合后于1400~1500℃条件下煅烧制得。本发明明确了不同原材料的放射性核素比活度，通过对低本底的原材料的控制和限定，保障低本底水泥的稳定制备。其中，低本底水泥晶种为一种高镁中热熟料，其Ra‑226放射性核素比活度控制在50Bq/kg以内，熟料中MgO含量控制在4.0%~5.0%，50%≤C3S≤55.0%；C4AF晶须中游离氧化钙0.3%≤≤2.0%，尺寸控制在直径0.1~0.3mm，长度5.0mm~30.0mm，其Ra‑226放射性核素比活度控制在50Bq/kg以内；依据本发明可实现低本底水泥的工业化稳定制备，获得Ra‑226放射性核素比活度低于50Bq/kg的低本底水泥，为低本底实验室建设提供技术支撑。