本发明涉及一种树脂组合物、树脂基复合材料及其制备方法，所述树脂组合物包括环氧树脂、极性囊材、无机填料以及固化剂，所述极性囊材包括囊体和分布在所述囊体内的极性材料，所述囊体的材料选自热塑性弹性体，所述囊体的熔融温度为110℃‑170℃，所述极性材料的热分解温度大于或等于250℃。本发明树脂组合物中，极性材料不影响树脂基复合材料的固化，使制得的树脂基复合材料兼具优异的表面张力和力学性能，有效提升树脂基复合材料与表观处理用材料之间的结合性能。